שלטון פרנקו פיקח על מוסדות המועדון והפעיל לחץ על סממני זהותו הקטלאנית. שמו וסמלו שונו, והמציאות החדשה הקשתה על שיקום אגודה שזוהתה עם הצד המנוצח במלחמה.

לס קורטס הפך שוב למוקד מפגש. הכדורגל העניק לציבור רגעים של שייכות בתוך שנים קשות, ובמקביל נבנה דור חדש סביב שחקנים כמו ססאר רודריגס, מריאנו מרטין ובהמשך בסורה ורמאלטס.

כמאמן החזיר סמיטייר את אליפות ספרד בעונת 1944/45 — הראשונה מאז 1929. תחת אנריקה פרננדס הגיעו שתי אליפויות נוספות, ב־1948 וב־1949, וב־1949 גם הגביע הלטיני.

בחגיגות היובל כבר ניכר שהמועדון התאושש ושוב גדול ממידות ביתו. השיקום המקצועי והגידול בקהילה הכינו את הקרקע לזינוק של שנות החמישים.

הפתיחה המחודשת של לס קורטס ב־1939 התקיימה תחת נוכחות ופיקוח של הרשויות. המועדון לא חזר פשוט לשגרה הישנה: הוא פעל בתוך כללים שנכפו עליו, בזמן שרבים מאנשיו נעדרו והכלכלה הייתה פגועה.

הכדורגל של שנות הארבעים היה מלא ניגודים. ב־1942 זכתה הקבוצה בגביע ובאותה עונה נאבקה נגד ירידה. רק בהמשך נוצרה יציבות יחסית, שהפכה את התארים של 1945, 1948 ו־1949 לסימנים של התאוששות ממושכת, ולא רק להצלחות נקודתיות.